El pueblo de Cubijíes fue fundado por Antonio Clavijo y creado como parroquia rural del cantón Guano por la ley de división territorial del 29 de mayo de 1861 en la presidencia del Dr. Gabriel García Moreno. Posteriormente pasó a pertenecer al cantón Riobamba el 6 de noviembre de 1955 durante la presidencia del Dr. José María Velasco Ibarra, quien firmó el ejecútese del decreto de incorporación, publicado en el registro oficial No.988 del 7 de diciembre del año en mención.