La parroquia de Cubijíes denota una topografía irregular en la zona, con un quebrante ondulado, con pequeñas planicies en las zonas altas. La contextura del suelo es arenosa con presencia de ceniza volcánica. De conformidad con las zonas de vida a la que pertenece la parroquia, se pueden diferenciar cuatro tipos de suelos: 1) Suelos secos áridos, con un pH alto, lo cual reduce la acción de los micro elementos asimilables como el Fe Mn, Cu, Bo., Zn., lo cual afecta al crecimiento de las plantas, los agricultores de la zona indican que esta condición se debe a la utilización de productos químicos para mejorar la calidad y rendimiento de los cultivos. 2) Suelos arenosos, caracterizados por la presencia de material pétreo pero laborable hasta los 100 cm de profundidad. 3) Suelos de cultivo que se constituyen en los más aptos para la actividad agrícola por poseer una textura equilibrada, son de color casi negro y tienen gran cantidad de materia orgánica lo cual no representa mucha dificultad para la labranza, se asume en su composición la presencia de un 45% de arena, 40% de limo y 15% de arcilla.

Respecto al sistema hídrico, la parroquia Cubijíes posee dos ríos principales que corresponden a los ríos Guano y Chambo, los cuales afectan la estructura y composición de las comunidades por las cuales atraviesa debido a que sus aguas son desviadas para el abastecimiento de los canales de riego. Adicionalmente se pueden encontrar varias vertientes de agua como la de El Egido, Balcashí y El Vergel, las mismas que son utilizadas como fuentes de agua de consumo en algunos casos y en otros como escenarios de lavandería.

Según la clasificación ecológica de Holdridge (1971) y ratificada por Sierra (2009), la parroquia Cubijíes corresponde a la zona de vida estepa espinosa Montano Bajo. Esta zona de vida se caracteriza por la presencia de períodos secos que varían entre tres a cinco meses que por lo general corresponden a los meses de enero, julio, agosto, septiembre o a su vez de mayo a julio y de septiembre a noviembre, dependiendo de las variaciones del tiempo, pueden ocurrir lloviznas tenues durante este periodo.